本发明提供一株小球藻aBST2‑3，所述小球藻保藏于中国普通微生物菌种保藏管理中心，保藏编号为CGMCC No.45167。本发明还提供小球藻aBST2‑3在发酵产α‑生育酚中的应用。本发明通过对微藻进行两次ARTP诱变，然后比较α‑生育酚合成过程中关键基因的表达量并测定其α‑生育酚含量，初步筛选α‑生育酚产量较高的突变株，再筛选出能稳定遗传的突变株，最后比较藻株生物量、油脂含量、α‑生育酚含量以及糖消耗情况，筛选出一株高产α生育酚且能稳定遗传的突变株，其最高产量达到420.3μg/gDCW，在原始菌株的基础上提高了84％，此突变株是制备α‑生育酚的有效来源，具有良好的α‑生育酚开发前景。