本发明提供了一种土壤/底泥活体藻细胞分离提取与快速分类计数方法，包括：1)取土壤或底泥样品放入离心管中，称量离心管取样前后的重量，得到样品净重后，向离心管中加入Percoll溶液；2)轻微震荡后将离心管放入超声波清洗仪；3)待超声波清洗仪工作完成后取出离心管，放入离心机；4)待离心机运转完毕后取出离心管，轻微震荡后用滤网过滤上清液，取部分上清液至流式细胞管并运行流式细胞仪，利用流式细胞仪对上清液中的藻细胞进行藻种和藻密度的检测与统计分析，得出所需藻细胞种类与数量。本发明无需通过分离培养与分子分析技术，即可获得原生环境藻类群落的完整信息，具有成本低廉、操作简便、可重复性强、可直接快速分析等优点。