本发明公开了一种InGaN基长波长LED的衬底结构及制备方法，主要解决现有InGaN基长波长LED器件中材料应力制约发光效率的技术问题。方案包括：在衬底上刻蚀穿透衬底的通孔，用于在外延材料上产生空位，通孔图案包括圆形、多边形，通孔间距与孔径大小均为nm‑mm级，且二者相匹配；制备方法包括在预处理后的衬底上旋涂光刻胶，首先按照预设图案对衬底进行光刻、显影和烘干操作，然后利用刻蚀技术在预设图案处向下刻蚀穿透衬底的孔，快速刻透衬底形成通孔，最后清洗去除衬底表面光刻胶，完成制备。本发明能够显著的改善高In组分的InGaN/GaN材料中的应力问题，提升外延晶体质量及发光二极管发光效率。