本发明为一种光伏电站无功分层控制系统。包括第一层为无功需求检测层，根据AVC系统实时检测并网点电压和功率，计算维持并网点电压所需要的无功补偿量；第二层为电站层无功协调分配层，通过AVC系统收集每回集电线路中的逆变器总的无功剩余量，然后比较第一层得到的无功补偿量，将一部分无功补偿量按照每回集电线路的无功量优先分配到各回集电线路中，剩余的无功量由SVG承担；第三层为逆变器间无功协调分配层，将每回集电线路中分配得到的无功量按照分配程序分配到各个逆变器，使逆变器按照分配量输出对应的无功功率补偿量，解决光伏逆变器的利用率低，没有利用光伏逆变器的无功支撑能力，和光伏逆变器的无功和光伏电站中SVG之间的协调调度问题。