本发明提供了一种二级除盐离子交换器串洗循环系统及方法，包括淡水箱、阳离子交换器、阴离子交换器、除碳器、阴离子交换器、混合离子交换器和除盐水箱，并且在阳离子交换器、阴离子交换器和混合离子交换器的进水管和出水管上各自设置有循环管。本发明的有益效果是，在二级除盐离子交换器由停备至运行期间通过上述三个循环管分别对阳离子交换器、阴离子交换器和混合离子交换器进行循环串洗，避免直排水冲洗造成的水资源浪费，还在上述三个循环管上设置有通过阳床PLC控制器、阴床PLC控制器和混床PLC控制器控制的电动阀和检测表，能够实现循环串洗自动控制，保证了离子交换器出水水质，又缩短了冲洗时间，同时避免了过量循环串洗造成的电能消耗。