本发明公开了一种尾矿和废石联合处理系统和方法，所述尾矿和废石联合处理方法包括以下步骤：S1：在堆存场的下游利用废石堆筑一期拦挡坝；S2：在所述堆存场内排入废石以形成废石层；S3：在所述堆存场内排入60％浓度以上的尾矿以形成尾矿层，且所述尾矿层位于所述废石层的上方；S4：重复S2和S3，以使所述废石层和所述尾矿层沿由下至上的方向交替堆叠至第一目标高度，所述第一目标高度不高于所述一期拦挡坝的高度；S5：重复S1至S4，直至全部将废石和尾矿排入至所述堆存场内。本发明的尾矿和废石联合处理方法具有堆存场占地面积小，节约土地，节省投资，环保性能好等优点。