本发明公开一种基于SWAT模型模拟水文环境的方法及系统，所述方法包括：S1、将研究流域划分为多个子流域及多个水文响应单元(HRU)；S2、以拥有作物种植面积统计数据的最小行政单元为界，将划分的HRU与行政单元对应；S3、获取行政单元内每种作物的种植面积比例随机R序列；S4、获取行政单元内每个土地利用类型为耕地的HRU所占耕地比例的r序列；S5、将R序列作为插板，依次插入对应行政单元中r序列中，寻找对应点位以匹配面积比例；S6、按照S5中确认的对应关系，在SWAT模型中对HRU设置对应的作物品种；以此为基础驱动SWAT模型，运行模型至模拟结束以模拟流域水文环境。