本发明公开了一种链式多支路差动保护同步方法及系统，预先在线路主干网全线每个节点处均安装一套差动保护装置，各差动保护装置按照链式通信方式进行连接；获取主干网全线所有节点处的差动保护装置之间的电网线路通信状态；若所有电网线路中的差动保护装置之间通信状态正常，则依据预先设置的主从机判定规则进行主从机判定，根据判定结果依据预先设置的数据同步机制进行数据同步；若在所有电网线路中存在某段线路的两端节点处的差动保护装置间的通信状态异常，则依据预先设置的通信异常处理机制进行数据同步。优点：对通道中断或异常、光纤连接错误等通信异常情况均具有良好的适应性，提高中低压配网供电可靠性。