本申请公开了一种多支路电池系统的控制系统和方法，该系统包括：能量管理系统控制器，用于对储能分系统的数据进行实时监测，向相应的电池总控制器单元发送调度指令；多个电池总控制器单元，每个总控制器单元的第一端与能量管理系统控制器连接，第二端与对应的多个储能变流器的第一端连接，用于监测对应的储能单元的数据并上传至能量管理系统控制器，对故障的储能单元进行冗余控制，并根据检测的各储能单元的最大可充放电能力进行功率均衡调节；每个储能变流器的第二端与对应的电池簇控制器连接，每个电池簇控制器与对应的电池总控制器单元的第三端连接。该系统实现了电池系统的功率均衡调节及冗余控制，提高电池系统输出功率的稳定性。