本发明公开了一种用于流水环境下水泥基材料微裂缝自修复的微胶囊及其制备方法，该微胶囊的芯材包含以下成分：螯合高吸水性树脂，水泥渗透结晶防水材料和高性能膨胀剂；采用圆锅造粒法制备芯材颗粒，高吸水性树脂作为膨胀堵漏组分，水泥渗透结晶防水材料和高性能膨胀剂作为结晶修复组分，膨胀堵漏组分遇水先发生膨胀堵住裂缝，结晶修复组分进一步修复裂缝；采用硅酸盐水泥对芯材颗粒进行裹壳，裹壳时喷洒再分散性乳胶粉水溶液进行粘结，裹壳工艺可以防止微胶囊芯材在浇筑过程与拌和水发生接触并反应；本发明用于具有水压的流水环境中水泥基材料裂缝的自修复，应用范围更广。