本发明公开了一种分离式热管系统控制方法及装置，分离式热管系统包括蒸发器和冷凝器；所述蒸发器的出口与冷凝器的入口通过气相管连接；所述蒸发器的入口与所述冷凝器的出口通过液相管连接；所述气相管和/或液相管上安装有电磁阀；所述电磁阀与控制器电连接；通过调节所述分离式热管系统的启停周期，进而调节分离式热管系统的温度控制精度；和/或通过调节所述分离式热管系统的启动时间占比，进而调节分离式热管系统的换热量。本发明通过调节热管的启停频率以及启动时间占比，能够有效的控制分离式热管的载荷温度波动和平均换热速率，从而实现了分离式热管在不同工况下精确控温的目的。