本发明提供了基于微流控芯片的生物分子分析系统。本发明的系统包括：(M1)温控模块，对所述微流控芯片的进行预定的温度变化控制，从而使得所述微流控芯片中各个微液滴独立地进行生化反应；(M2)成像模块，用激发光照射所述微流控芯片从而使得微液滴产生荧光，并记录所述微流控芯片中各微液滴产生的荧光信号；(M3)数据处理模块，对所述成像模块获取的微流控芯片中各微液滴产生的荧光信号，进行数据处理，从而获得分析结果；和(M4)输出模块，输出所述的分析结果。本发明系统具有体积较小、成本低，可对微流控芯片实现非均一的温度控制，并对整个微流控芯片进行成像，从而完成对目标生物分子检测的优点。