本发明涉及变压器检测技术领域中的一种变压器故障诊断方法和系统，包括以下步骤：采集变压器的局部放电信号训练样本，并对局部放电信号训练样本进行预处理，得到第一特征提取数据；基于第一特征提取数据和果蝇算法优化神经网络，生成神经网络优化模型；采集变压器的局部放电信号测试样本，并对局部放电信号测试样本进行预处理，得到第二特征提取数据；将第二特征提取数据输入神经网络优化模型，得到故障诊断结果，解决了变压器在故障诊断过程中，其特征提取能量损失，不能客观反应出正式的信号特性的问题。