本发明公开了一种多点多槽同步电化学除磷系统及其除磷方法,涉及废水处理技术领域，包括预处理单元A、预处理单元B、厌氧单元、生化处理单元A、生化处理单元B、前置除磷装置、后置除磷装置和深度处理单元，预处理单元A、生化处理单元A、后置除磷装置依次连接，预处理单元B、前置除磷装置、厌氧单元、生化处理单元B、后置除磷装置依次连接，预处理单元B与厌氧单元之间还连接有第一直接输送管道，且生化处理单元A、生化处理单元B、后置除磷装置均与深度处理单元连接。本发明不仅解决了现有废水处理过程中因投药过多造成二次污染、除磷脱氮效果不理想的问题,且可适用于对不同废水的处理，使废水处理更加系统化。