本发明公开了一种工业废水电化学除磷系统及其除磷方法,涉及废水处理技术领域，包括预处理单元、厌氧单元、生化处理单元、前置除磷装置、后置除磷装置和深度处理单元，预处理单元、前置除磷装置、厌氧单元、生化处理单元、后置除磷装置依次连接，预处理单元与厌氧单元之间还连接有第一直接输送管道，生化处理单元与后置除磷装置均与深度处理单元连接。本发明不仅解决了现有工业废水难以处理，除磷脱氮效果不理想等问题，且能同时对不同浓度的工业废水进行处理。