一种多功能单体共价有机骨架分子印迹聚合物及其制备方法和应用。本发明属于分子印迹聚合物领域。本发明为解决现有分离花色苷的分子印迹聚合物亲和力和特异性较差以及对花色苷分离效率和产率较低，且分离周期长的技术问题。本发明的聚合物以C3G为模板分子，以磺酸功能化合物、DAAQ和金属盐为功能单体，以Tp为交联剂，在室温下，通过席夫碱反应制备而成。本发明的一种多功能单体共价有机骨架分子印迹聚合物用于分离花色苷。本发明通过多种功能单体与模板分子C3G的不同部位形成静电相互作用、π‑π作用、氢键和螯合作用，多种类型作用协同增强模板分子和功能单体间作用力，从而提高仿生受体的选择性和亲和性。