本申请公开了一种抗菌藻酸盐纤维的制备方法，包括：将酸化的藻酸盐纤维放在含有1‑乙基‑(3‑二甲基氨基丙基)碳二亚胺盐酸盐的第一溶液中第一次浸泡，再加入胍类抗菌剂到所述第一溶液中，将所述酸化的藻酸盐纤维进行第二次浸泡得到接枝藻酸盐纤维。本申请的制备方法中采用1‑乙基‑(3‑二甲基氨基丙基)碳二亚胺盐酸盐(EDC)作为酰胺反应的缩合剂，并且在制备过程中，采用了丙酮水溶液作为反应中的有机相，避免使用毒害较大的有机溶剂如三氯甲烷等，减少了有机溶剂使用量，降低了废液的处理难度，使制备过程更加环保。