本发明涉及水电调度及电网运行领域，公开了一种兼顾调峰与通航的梯级水电站多目标调度的MILP方法。电网调峰与河道通航需求间的矛盾是水电航运梯级调度时所面临的突出问题，区间回水的顶托作用加剧了问题的复杂性。本发明建立了考虑回水影响的梯级水电站群短期多目标优化调度的MILP模型，模型中以剩余负荷平均距与下游尾水位平均距最小为目标，将非线性约束通过函数聚合后，利用直六面体栅格化技术与SOS2约束方法实现约束线性化，最终应用NBI方法求解，得到多目标问题的Pareto解集。所提方法可以充分计及回水顶托影响，兼顾调峰与通航需求，高效求解多目标调度问题并获得较理想的结果，是一种切实有效的方法。