本发明提出一种双向时间比对系统的通道时延在轨修正方法。该方法借助高速示波器在地面温控环境下建立深空双向时间比对系统在不同温度下的通道时延查询表，在轨条件下根据实时温度查表得到对应链路的时延值，并定期通过自环标定生成收发链路的修正值，实现深空双向时间比对系统的通道时延在轨修正。本发明可有效解决卫星双向时间比对系统进入太空后，通道时延随太空环境的剧烈变化以及器件老化而发生改变，进而引起系统时间同步精度恶化的问题，从而实现卫星、空间飞行器等空间平台与地面系统之间的高精度时间同步。