本发明实施例提供了一种基于FSK的混合调制信号相位过渡方法及系统，方法包括：根据不同的信号模型类型，采用不同的相位过渡策略；对于连续型模型，获取第二码元调制波形的相位θ2(t)和第一码元调制波形的相位θ1(t)，对θ1(t)到θ2(t)进行相位的修改，实现相位的平滑过渡；对于离散型模型，获取第二码元调制波形的相位θ2(n)和第一码元调制波形的相位θ1(n)，对θ1(n)到θ2(n)进行相位的修改，实现相位的平滑过渡。本发明实施例提供的一种基于FSK的混合调制信号相位过渡方法及系统，可以使得经过调制的相邻码元调制波形的相位连续，可以改善调制因为相邻码元调制波形相位不连续带来的信号频谱展宽问题。