本发明公开了一种酶协同生物转化制备富含靛蓝的马蓝发酵干叶的方法，具体涉及植物加工领域，该方法为将马蓝鲜叶去杂后进行热风萎凋，再冷却平衡水分后，喷洒复合酶液进行酶解，静置催化辅助破壁发酵，熟化灭酶，向熟化叶中加入糖苷酶，挤压后进行半固态发酵，再干燥制得富含靛蓝等生物碱马蓝发酵叶。本发明制得的富含靛蓝等生物碱发酵叶，其中靛蓝含量与鲜叶相比，提高400％以上，更易在常温下保存，与传统工艺相比，减少液态发酵后期产生的大量废水，工艺过程更加环保。