本发明公开了一种净水系统的水质调节方法及系统，该方法包括：检测纳滤装置的净水出水口的出水水质；判断出水水质是否达到目标出水水质，若否，则根据出水水质调节纳滤装置的废水出水口的可调阀的开度；检测纳滤装置的净水出水口的出水流量；判断出水流量是否达到目标出水流量，若否，则根据出水流量调节纳滤装置的进水口的进水流量，再次检测纳滤装置的净水出水口的出水水质，得到新的出水水质；返回判断出水水质是否达到目标出水水质的步骤，对新的出水水质进行判断，直至净水出水口的出水水质达到目标出水水质，净水出水口的出水流量达到目标出水流量。该方法通过对可调阀开度和纳滤装置进水流量的循环调节，能同时控制脱盐率及出水流量。