本发明提供一种结合免疫荧光染色的黏膜淋巴管整体成像的方法，包括：将黏膜标本固定后，放入不同浓度的丙酮溶液中多次浸泡，洗涤；黏膜标本采用CUBIC‑L试剂进行梯度浸泡脱色、脱脂；黏膜标本采用一抗室温孵育，洗涤后采用二抗室温孵育，洗涤；其中，所述一抗为针对目标组织靶抗原的抗体；二抗为带荧光标记的抗体；黏膜标本采用不同浓度的CUBIC‑R+试剂进行折光率匹配至黏膜标本透明；最后在共聚焦、双光子或光片显微镜下进行Z轴拍摄即得。本发明主要适用于食管黏膜(也可推及胃黏膜及肠黏膜)淋巴管的整体成像，通过免疫荧光染色与CUBIC‑L/R+试剂结合，从而处理标本使其在组织透明化的过程中还能保证标本的完整性。