本发明提供一种实现船用箱式电源安全隔离的切换控制方法及系统，包括：步骤S1，控制每个电源组中放电次序最靠前的箱式电源放电；步骤S2，在各箱式电源的放电过程中，判断是否存在至少一箱式电源发生热失控：若否，转向步骤S3；若是，转向步骤S4；步骤S3，判断是否存在至少一箱式电源上报故障报警信息：若是，根据故障报警信息的类型对上报故障报警信息的箱式电源进行切换或对应的控制，返回步骤S2；若否，返回步骤S2；步骤S4，切断发生热失控的箱式电源及预设区域内的所有其它箱式电源，并启动应急排风风机以排出上述箱式电源内的可燃气体，返回步骤S2。有益效果是本发明能够实现正常情况、非热失控故障和热失控故障下的箱式电源切换。