本发明涉及一种光叶苕子拮抗菌的高效筛选方法，属于菌株筛选技术领域。本发明的筛选方法包括如下步骤：(1)将光叶苕子样品液涂布于固体培养基中，培养，得到菌落；(2)将步骤(1)所述的菌落接种至已含有靶标微生物的固体培养基中，继续培养，筛选靶标微生物生长受抑制区域的菌落，得到拮抗菌。本发明的筛选方法无需事先分离单菌落，节约时间，简单高效；不易遗漏样品中的微生物；能定量把控靶标微生物的含量；还能使靶标微生物在培养基中均匀接种，避免了靶标微生物喷洒不均匀影响拮抗菌的筛选，也避免了靶标微生物泄漏导致的二次污染。为筛选植物拮抗菌提供了依据。