本发明涉及铷原子钟驯服技术领域，提供一种防欺骗式干扰铷原子钟驯服方法及系统。该防欺骗式干扰铷原子钟驯服方法，包括如下步骤：对第一铷原子钟和第二铷原子钟分别输出第一信号和第二信号进行分路处理；对分路信号进行频率合成；将分路信合成信号对应转化并输出1PPS信号；监测第一基准1PPS信号的准确性，判定外部输入1PPS信号被注入欺骗式干扰，计算1PPS信号与外部输入1PPS信号的时差；对时差进行驯服校准，获得控制数据。本发明实现对双铷原子钟驯服过程中数据的综合判定，能够有效识别出缓慢变化的欺骗式干扰，可有效避免铷原子钟的频率输出被欺骗式干扰影响，保证铷原子钟在驯服期间频率输出的准确性。