本发明公开了一种现场可编程门阵列的拓扑结构设计方法、电子设备和计算机可读存储介质。拓扑结构设计方法包括：确定可编程门阵列中多路选择器的输入数量、金属互连线数量和可编程逻辑模块的管脚数量；根据多路选择器的输入数量、金属互连线数量和可编程逻辑模块的管脚数量按预设规则生成连接关系；在连接关系满足设计需求的情况下，根据连接关系生成电路原理图。在金属互连线段跨越逻辑模块数目和金属互连线段的数量情况下，对不同编号之间互连通道的跳转关系灵活设定，设计出均衡连接，覆盖全面的连接关系，并进行结构评估，进一步自动产生电路原理图，实现定制性通道结构设计。