本发明提供一种聚酰亚胺过孔及晶圆级半导体封装结构的制备方法，聚酰亚胺过孔的制备方法包括：S1：提供表面附有金属焊盘的基板；S2：于基板上形成聚酰亚胺层；S3：于聚酰亚胺层上形成金属层；S4：于金属层上形成预设层，并于预设层上形成第一预过孔；S5：刻蚀金属层形成第二预过孔；S6：刻蚀聚酰亚胺层形成第三预过孔；S7：去除聚酰亚胺层之上的所有结构，以于聚酰亚胺层上形成聚酰亚胺过孔。本发明避免了小尺寸聚酰亚胺过孔底部存在残留物的问题，使得聚酰亚胺过孔上下轮廓基本一致，制备工艺精细化，从而提高了产品的良率；本发明在晶圆级半导体封装中，较小的聚酰亚胺过孔可以使产品设计更加复杂和细致，大大提高了芯片性能。