本发明提供了一种芯片堆叠封装结构，包括：基板，所述基板的第一表面具有多个第一焊盘和多个第二焊盘；叠于所述基板的第一芯片，所述第一芯片的第二表面包括多个覆盖第一焊盘并与第一焊盘电连接的第一焊脚；叠于基板的散热模组，所述散热模组包括第一凹槽、冷却液腔、入液口、出液口以及多根第一导电柱，所述第一凹槽的开口位于散热模组的第二表面，所述第一芯片经所述开口嵌入到所述第一凹槽内，且所述第一凹槽的侧壁和底壁突伸到所述冷却液腔内，每一所述第一导电柱的底端与基板的第一表面的一个第二焊盘电连接；叠于散热模组的第二芯片，且所述第二芯片的每一第二焊脚与一个第一导电柱的顶端电连接。本发明可极大提高电子芯片的散热效率。