本发明公开一种变压器故障诊断方法、介质及系统，包括：按照故障种类进行分类，构造第一多标签分类结构诊断模型；将第一训练样本集中的样本按照第一多标签分类结构诊断模型中每一节点的支持向量机对应的两种故障种类进行分类得到第二训练样本集；判断输入支持向量机的第二训练样本集中的两种故障种类的样本的数量是否相同；若不相同，将第二训练样本集进行过采样处理，生成第三训练样本集，通过第三训练样本集训练支持向量机，得到训练后的第二多标签分类结构诊断模型；若相同，通过第二训练样本集训练支持向量机，得到训练后的第二多标签分类结构诊断模型；将待诊断样本集输入第二多标签分类结构诊断模型，得到故障种类。本发明提高诊断准确率。