本发明公开了一种ε‑聚赖氨酸的棒状纳米化方法及其ε‑聚赖氨酸纳米颗粒的应用，属于ε‑聚赖氨酸纳米颗粒技术领域，包括以下步骤(1)将凹凸棒土或膨润土制备成1‑5％w/v浓度的水分散液，随后通过均质机分散15‑30min至稳定悬浮，得到悬浮水分散液；(2)将聚赖氨酸溶于水后在搅拌的条件下缓慢加入悬浮水分散液中，搅拌2‑4h后离心收集、干燥得到棒状ε‑聚赖氨酸纳米颗粒，制得的ε‑聚赖氨酸纳米颗粒解决目前ε‑聚赖氨酸在农业病害防治中成本高、抗菌效果差的问题。