本发明公开了基于免疫相关细胞对的黑素瘤预后预测方法及系统，通过用免疫相关细胞对的免疫相关风险替代基因表达谱，结合剔除冗余特征的临床预后信息，从临床指标和免疫微环境两个层面建立预后预测模型，再以该预后预测模型进行预测。相比现有技术，由于免疫相关细胞对的免疫相关风险在进行免疫微环境评估时，用相对大小代替绝对大小，能有效解决批次效应产生的误差，此外，本发明还从多个临床预后信息中筛选出非特征冗余的临床关键特征与所述免疫相关细胞对的免疫相关风险配合使用，能以最少的特征数据实现高准确率的预后预测，进一步减少预测的计算机资源消耗。