本发明涉及网箱技术领域，提供了一种网箱压载系统及其压载下潜方法。网箱压载系统包括网箱，包括多根立柱，多根立柱对称设置，立柱内设置有压载舱，多根立柱的压载舱分为多组压载舱组，每一压载舱组的压载舱两两关于网箱的轴线对称设置；多个压载泵，用于轮流交替对压载舱组的压载舱加注压载水，以使网箱吃水，实现网箱的压载下潜操作；升降装置，其设置于网箱上，且与压载泵连接，带动压载泵下降潜入海水，以对压载舱组的压载舱加注压载水，以及带动压载泵上升从海水抽出，以回收复用压载泵。本发明无需配置复杂的各种阀门、防海生物系统、死角吃水系统等配件及相关联系统，节省材料费，降低网箱压载系统的制造成本，配置要求低。