本发明公开了一种圆砾‑泥岩复合地层的双模盾构配合施工方法，其包括以下步骤：根据地质勘查将盾构掘进区间划分为圆砾地层区段和泥岩地层区段，根据圆砾地层区段和泥岩地层区段的地层渗透性规划盾构掘进的模式；分别计算圆砾地层区段和泥岩地层区段的盾构长度L，根据盾构长度计算在圆砾地层区段和泥岩地层区段的掘进时间Ts；利用两种盾构方式产生的泥浆来平衡掌子面前方的水土压力。本发明通过合理调整双模盾构与相邻区间盾构掘进进度，可以实现无须处理盾构在泥岩地层掘进时产生的泥浆，降低了泥浆处理费用及泥渣外运费用；无须制备盾构在圆砾地层掘进时所需的泥浆，降低了泥浆制备费用。