本发明提供一种水利水电工程管理系统的编码方法、系统、终端及存储介质，水利水电工程管理系统的编码方法包括：对主体对象进行层级划分，对各层级主体对象进行分类，编制中心编码字典，形成中心编码编制规则，以便编制主体对象的中心编码；将主体对象根据不同业务场景划分为若干基础对象，将基础对象整理成若干层级，编制出各层级基础对象的分类及编码字典，形成业务编码的编制规则，以便基础对象编制业务编码；利用中心编码的编码字典与业务编码的编码字典设定映射规则，建立中心对象与基础对象的关联关系。本发明可以实现水利水电工程中具有大量专门功能系统间数据交互应用。