本发明公开了一种功率变换器的实时同步控制方法、系统及模块电源。其中方法可以用于模块电源中的功率变换器的实时同步控制，包括如下步骤：S1：外部输入一个周期和相位可实时变化的同步信号，并将该同步信号分发至各功率变换器；S2：各功率变换器在各自的时钟下获取所述同步信号的周期及相位；S3：各功率变换器根据各自的控制需求计算各功率变换器的占空比；S4：各功率变换器生成高电平时间为计算获得的占空比与周期的乘积，周期和相位与同步信号相同的PWM控制信号控制功率变换器的功率开关器件工作。上述控制方法，可以控制各模块电源的输出的同时，有效实时实现各电源模块的载波信号同步，避免模块间产生环流，提高效率且避免损坏负载。