本发明公开一种高耐水高粘结强度的防水涂料及其制备方法，属于防水涂料技术领域。一种高耐水高粘结强度的防水涂料，包括液料A组份和粉料B组份，以占A组份总质量的质量百分比计，液料A组份包括：改性丁苯乳液75～90％、分散剂0.075～0.5％、消泡剂0.1～0.8％、润湿剂0.1～0.4％、防腐剂0.01～0.8％、水性色浆0～2％、纤维素水溶液1～2％、增稠剂0.1～0.5％、水8～18％；改性丁苯乳液由丁二烯、苯乙烯、烯酸酯类单体、羧酸单体和硅烷单体聚合得到；以占B组份总质量的质量百分比计，粉料B组份包括：水泥14～35％、填料64～85％、减水剂0.03～0.8％、缓凝剂0.03～0.5％；液料A组份与粉料B组份的重量比为1:(1.2～1.5)。本发明的防水涂料粘结强度高，吸水率低，可以解决现有聚合物水泥防水涂料不能应用于地下工程等长期浸水环境的防水工程的问题。