本发明公开了一种用于蛋白质操控与检测的纳米孔装置及其检测方法，本发明包括阶梯型纳米孔芯片构成的传感器，以及门电压控制器、膜片钳放大器和计算机，所述传感器的电极通过导线连接膜片钳放大器，所述膜片钳放大器通过数据传输线连接计算机，所述门电压控制器通过导线连接阶梯型纳米孔芯片的门电极；所述计算机配置蛋白质分子辨识模块，并采集的数据利用蛋白质分子辨识模块完成蛋白质分子的辨识。本发明可以通过门电极控制蛋白质分子在纳米孔中的驻留时间，从而可以采集充足的调制电流信号数据，结合相对应的实验参数，创新性的采用机器学习算法建立智能模型，能够辨识出每一个蛋白质分子的结构信息，为蛋白质分析提供了技术保障。