基于极值表型祖孙对数据的遗传连锁检验系统及方法，涉及生物统计学技术领域。本发明是为了解决由于近亲亲属对数据获取难度大导致目前的基因连锁关系检测方法并不适用的问题。本发明所述系统包括：极值祖孙对判定模块：用于判定祖孙对类型；极值祖孙对设计模块：用于获取不同等位基因数目下祖孙对的累积分布函数和祖孙对基因型在不同等位基因数目下的条件概率；遗传连锁检验模块：用于根据同等位基因数目下祖孙对的累积分布函数判断祖孙对是否存在连锁关系；功效测定模块，用于根据祖孙对的类型和祖孙对基因型在不同等位基因数目下的条件概率获取有连锁关系的祖孙对的检验功效。本发明用于检测基因的连锁关系并获取检验功效。