本发明提供了一种煤层气采出水的净化方法。包括：按预定比例加入复合酶和微生物菌剂，经培养驯化过程，以特定的标准筛选获得所需微生物；将煤层气采出水在固定化微生物‑曝气生物滤池中进行生化处理，得到生化出水，其中固定化微生物‑曝气生物滤池中包含镂空载体，以及附着在镂空载体上的复合酶和微生物；对生化出水进行检测，当生化出水达标时，生化出水为净化水，处理流程结束；当生化出水不达标时，对生化出水进行絮凝处理，得到絮凝出水；对絮凝出水进行检测，当絮凝出水达标时，絮凝出水为净化水，处理流程结束；当絮凝出水不达标时，对絮凝出水进行物理吸附，得到净化水。通过上述净化方法能够大大提高煤层气采出水的净化效果。