本发明公开了一种厌氧甲烷‑氨氧化菌群原位控制矿洞酸性废水系统及方法，属于废弃矿洞污染微生物原位修复技术领域。通过密封墙、出水抬升井、混合气体装置、中和池、人工湿地和GPRS移动通信系统搭建微生物原位源头控制系统。废弃矿洞中通入还原性混合气体(包含甲烷、氨、二氧化碳和氮气)，一方面可以抑制硫化物继续氧化释放硫酸和重金属，另一方面厌氧甲烷—氨氧化菌群能够利用甲烷和氨为电子供体进行硫酸盐还原反应，将硫酸根和重金属转化为硫化重金属沉淀，并提高废水pH。上述方法提供了一种主动的矿山废水抑制与洞内分散式处理技术，最终达到原位源头控制废弃矿洞酸性废水污染的目的。