本发明提供了一种行程控制式液压启动封隔器及其使用方法，封隔器包括滑套开关机构、液压启动坐封机构和胶筒封隔机构，滑套开关机构设于活塞缸套一内，芯轴和活塞缸套一通过限位机构连接，液压启动坐封机构的上端与滑套开关机构接触，胶筒封隔机构套设在液压启动坐封机构外，活塞缸套一的下端与液压启动坐封机构接触。本发明通过滑套开关机构能在封隔器工具上部腔室内流体压力升高时，通过压力产生位移，达到机构最大行程后开启滑套开关，传递高压流体；胶筒封隔机构使封隔器封隔环空；液压启动坐封机构能通过液压启动的方式，在高压流体的驱动下使坐封活塞上行，为封隔器坐封提供支撑，并依靠坐封活塞前端的卡瓦锚定套管，防止封隔器移动。