本发明公开了一种微电机壳体端面自动加工系统，包括底座、用于微电机壳外壁定位的定位臂、用于微电机壳内壁定位的中间支撑轴梁、用于微电机壳端部加工的左加工座和右加工座，所述定位臂和中间支撑轴梁均位于左加工座和右加工座之间，左加工座和右加工座位置对应且与底座滑动连接，本发明的微电机壳体端面自动加工系统中的中间支撑轴梁两个端部可分别被夹持，可实现微电机壳的不下料完成两个端面的加工，定位臂上的冷却管可在微电机壳端部外部形成冷却环，对微电机壳端部进行磨削加工时辅助冷却，减少机加工热对微电机壳的影响。