本发明公开了一种磷酸镁水泥基材料及其制备方法和在制备防水建筑材料中的应用，其原料包括磷酸镁水泥、混凝土集料、助剂、改性组合物，该改性组合物包含卡拉胶、聚合物、水，该改性组合物包含凝胶状态和溶胶状态，该改性组合物在温度变化下能够进行可逆的凝胶状态和溶胶状态之间的转换，当该改性组合物处于凝胶状态时，卡拉胶、聚合物和水共同呈现能够固定水的半固态状态，当该改性组合物处于溶胶状态时，能够释放出水；制备时改性组合物单独制备，然后与其他原料混合制备，该磷酸镁水泥基材料能够在基本不影响混凝土强度的基础上兼具优异的施工可操作性、较好的抗裂性和防水能力，可用于防水建筑材料。