本发明公开了一种防治烟草黑胫病的假浅灰链霉菌菌剂及其应用，涉及烟草黑胫病防治技术领域，解决了现有技术中采用化学农药防控烟草黑胫病，存在农药残留及环境污染的技术问题。本发明防治烟草黑胫病的假浅灰链霉菌菌剂，是以假浅灰链霉菌为菌种，并经种子活化和至少三级培养后制得的假浅灰链霉菌发酵液。本发明防治烟草黑胫病的假浅灰链霉菌菌剂，将其用于烟草种植中，可在育苗期就实现黑胫病的有效防控、土壤养分的活化和作物根系的促生，在有效防控病害后增强作物的营养吸收，进一步减少作物因病害导致的产量损失；另一方面，还能够在很大程度上减少化学农药的施用量，减少环境污染，提高作物安全性，保持土壤微生物群落的平衡。