本发明公开了一种地下水自平衡方法及装置，涉及深层地下水回灌技术领域，该方法是利用地下水自平衡装置将地下水自平衡区域中的浅层地下水回灌至深层地下水，实现地下水含水系统自平衡，对地下水不同含水层位的水资源进行调控，从而实现地下水含水系统的水资源平衡。自流回灌井结构的地下水自平衡装置直接将浅层含水层和深层含水层打通，浅层含水层水位较高，通过回灌井将潜水回灌至深层含水层，自流回灌井施工完成后，地下水实现自然回灌。加压回灌的地下水自平衡装置，通过蓄水箱和加压泵将浅层地下水回灌至深层地下水中，浅层地下水和深层地下水的氧化还原性相同，能避免回灌后改变地下水氧化还原条件的情况。