本发明公开一种耐候钢锈层厚度检测方法及系统，属于腐蚀检测技术领域，方法包括利用电磁超声探测装置在耐候钢表面激发超声波，以产生第一回波信号；利用平均滤波算法对第一回波信号进行处理，得到第二回波信号；利用包络提取算法对第二回波信号进行处理，提取第二回波信号的包络线；采用时间差计算方法对包络线进行低通滤波和傅里叶谱分析，得到包络谱；采用数据拟合方法对包络谱进行处理，解算出耐候钢表面锈层厚度。本发明通过检测电信号的变化来获取缺陷或厚度信息，无需对耐候钢表面进行除锈，即可实现对耐候钢锈层厚度的精确测量。