本发明公开了一种图数据库数据索引方法及系统，属数据库索引技术领域，首先获取用户指定为图数据库的顶点、边引入索引的特定数据；图数据库在基于磁盘的存储层面为所述特定数据引入基于有序索引特征类型的索引；在图特定算法或图的遍历中，图数据库通过所述引入基于有序索引特征类型的索引，得到所述图特定算法所需的数据或进行遍历。本发明提供的索引方法，在基于磁盘的数据存储、磁盘查询时，索引的数据根据索引进行查找时，带来了数据有序的便利，相邻接的数据都在相同或相邻的物理磁盘块中，在进行基于有序索引特征类型索引的相邻数据的访问时，相邻磁盘块一起加载可一次性加载多条数据，因而提升了磁盘I/O访问效率。