本发明提供一种自动冲洗滴灌方法及系统，方法包括：获取自动冲洗数据；将自动冲洗数据输入自动冲洗滴灌系统水力获取模型，得到首部供水压力与流量；其中，自动冲洗滴灌系统水力获取模型是基于预先获取的水质条件、水源需求量、管网布置数据、冲洗阀布置模式、无冲洗滴灌系统水力获取模型和预先率定的冲洗阀阀门损失系数共同构建，并经过第一模拟精度评估率定获得；无冲洗滴灌系统水力获取模型是基于水质条件、水源需求量和管网布置数据构建，并经过第二模拟精度评估得到。本发明通过上述方法可获取满足滴灌带冲洗所需时长以及冲洗阀自动工作所需压力和流量的首部供水条件，提升非常规水源滴灌条件下灌水器的抗堵塞能力和滴灌水肥施用均匀度。