本发明涉及一种风电柔性直流送出系统故障穿越控制方法和系统，包括：步骤1：计算矩阵式自调控卸荷电路需投入的子模块数和矩阵式自调控卸荷电路需投入的卸荷支路数，并投入相应数量的子模块和卸荷支路，当风电场收到减载指令时，转至步骤2，当受端交流电网故障清除时，转至步骤3；步骤2：对风电场进行减载控制，并基于当前的直流线路两端功率差额和预先设定的风电场功率减载量，调整矩阵式自调控卸荷电路投入运行的卸荷支路数，当风电场完成减载控制时，转至步骤1；步骤3：控制风电场退出减载控制，并控制矩阵式自调控卸荷电路退出运行；本发明提供的技术方案快速可靠的实现了故障穿越，同时也尽可能的降低了成本。